Son animales microscópicos, unicelulares que aveces forman colonias de protozoarios indiferenciados (por cilios, flagelos o pseudópodos) aveces presentan caparazones que los protegen.  Los protozoarios son libres comensales a parte de ser simbióticos o parásitos, es decir, que pueden dañar al organismo en que se encuentran o por el contrario pueden tener una relación mutua que puede ser en beneficio del organismo o del parásito.  Tienen la capacidad de enquistarse para adaptarse a las condiciones del medio ambiente teniendo un estado de vida latente.  Su nutrición y reproducción es variada (por ejemplo: esporulación, bipartición, gemación y hasta en forma sexual).  Los protozoarios al morirse se depositan en grandes cantidades sobre el fondo marino y si los protozoarios presentan caparazones, éstos forman rocas calizas o silíceas.

Existen unas 30 000 especies de protozoarios y su origen se remonta al período precámbrico.  Se subdividen en dos subfilos: plasnódromos (clase de los rizópodos, flagelados, etc.) y ciliófodos (clase de ciliados e infusurios).